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致突变
无论是否有代谢活化系统的存在，甲醛都能导致鼠伤寒沙门菌和大肠埃希菌发生突变。以0.5mg/m3、1.0mg/m3和3.0mg/m3浓度的甲醛连续动态染毒小鼠72小时，骨髓嗜多染红细胞微核率显著升高。
致癌性
2017年10月27日，世界卫生组织国际癌症研究机构公布的致癌物清单中，将甲醛放在一类致癌物列表中。
研究动物发现，大鼠暴露于每立方米15μg甲醛的环境中11个月，可致鼻癌。美国国家癌症研究所2009年5月12日公布的一项新研究成果显示，频繁接触甲醛的化工厂工人死于血癌、淋巴癌等癌症的几率比接触甲醛机会较少的工人高很多。2010年又发现甲醛能引起哺乳动物细胞核的基因突变、染色体损伤。甲醛与其他多环芳烃有联合作用，如与苯并芘的联合作用会使毒性增强。
